Die Krankenversicherungsträger, ihre Landesverbände, der GKV-Spitzenverband, die Kassen(zahn)ärztliche Bundesvereinigung (KBV/KZBV) und die Kassen(zahn)ärztlichen Vereinigungen, der Gemeinsame Bundesausschuss (GBA), die Apotheker- sowie Ärzte- und Zahnärztekammern unterliegen als Teil der mittelbaren Staatsverwaltung der Rechtsaufsicht durch Bundes- und Landesbehörden. Letztere können zwar nicht, wie bei der Fachaufsicht von Ministerien über nachgeordnete Behörden, mit Weisungen in das operative Geschäft dieser Institutionen eingreifen. Die Aufsichtsbehörden bleiben aber für deren rechtmäßiges Handeln verantwortlich.
Die Aufsicht erstreckt sich auf die Rechtmäßigkeit des Handelns, überprüft die Einhaltung von Gesetzen und sonstigem Recht, das für die Träger und Verbände maßgebend ist. Sie kann mit Aufsichtsmitteln im Wege der Verwaltungsvollstreckung beziehungsweise Ersatzvornahme tätig werden. Die Aufsichtbehörden der Länder sind für die Rechtsaufsicht der Kassenärztlichen Vereinigungen und der Krankenkassen zuständig, deren Mitgliederkreis sich auf das jeweilige Land beschränkt. Sobald sich die Mitglieder einer regionalen Krankenkasse auf mehr als drei Länder erstrecken, übernimmt das für die bundesweit agierenden Krankenkassen zuständige Bundesversicherungsamt die Aufsicht. Die KBV, der GBA und der GKV-Spitzenverband werden vom Bundesministerium für Gesundheit beaufsichtigt. In Entscheidungen zum Beitrags- und Melderecht untersteht der GKV-Spitzenverband jedoch der Aufsicht des Bundesministeriums für Arbeit und Soziales.
Neben den Aufsichtsbehörden des Bundes und der Länder prüft auch eine Abteilung des Bundesrechnungshofs die Haushalte von Sozialversicherungsträgern auf angemessene Mittelverwendung, soweit sie Zuschüsse aus dem Bundeshaushalt erhalten. Seit 2008 gilt dies auch für die GKV und den 2009 eingeführten Gesundheitsfonds.
Mit dem Arzneimittelmarkt-Neuordnungsgesetz (AMNOG) wurden zum 1. Januar 2011 bei Arzneimittel-Rabattverträgen Kontrollzuständigkeiten der Vergabekammern (Kartellämter) eingeführt.