Das IGWiG wurde am 1. Juni 2004 nach dem Vorbild des National Institute for Health and Clinical Excellence (NICE) des National Health Service (NHS) in Großbritannien (UK) gegründet. Es ist eine Einrichtung der vom Gemeinsamen Bundesausschuss (GBA) gegründeten Stiftung für Qualität und Wirtschaftlichkeit im Gesundheitswesen. Auftraggeber sind der GBA und das Bundesministerium für Gesundheit. Finanziert wird das IQWiG aus Mitteln der GKV. Es gliedert sich in acht Ressorts: Arzneimittelbewertung, Medizinische Biometrie, Versorgungsqualität, Nichtmedikamentöse Verfahren, Kommunikation, Verwaltung, Gesundheitsökonomie und Gesundheitsinformation.
Das IQWIG untersucht als unabhängiges wissenschaftliches Institut den Nutzen medizinischer Leistungen sowie deren Qualität und Wirtschaftlichkeit. Darunter fallen unter anderem die Bewertung von Behandlungsleitlinien, von Operations- und Diagnoseverfahren sowie Arzneimitteln. Durch das GKV-Wettbewerbsstärkungsgesetz 2007 wurde das IQWiG mit der erweiterten Kosten-Nutzen-Bewertung von Arzneimitteln beauftragt, um therapie- bzw. patientenrelevante Zusatznutzen von Arzneimitteln auf ihre Mehrkosten hin zu analysieren. Die Bewertungen dienen dem GBA als wissenschaftliche Grundlage von Beschlussfassungen. Außerdem erarbeitet das Institut auf der Basis der evidenzbasierten Medizin Grundlagen für Disease-Management-Programme. Zur Förderung der Transparenz unter anderem zur Qualität in der Gesundheitsversorgung sollen die Berichte des Instituts so verständlich gefasst sein, dass auch Laien sie verstehen und als Informationsgrundlage nutzen können.