Das am 1. Januar 2004 in Kraft getretene GKV-Modernisierungsgesetz führte erstmals eine Nutzenbewertung von Arzneimitteln mit neuen Wirkstoffen ein. Sie wird vom Institut für Qualität und Wirtschaftlichkeit im Gesundheitswesen (IQWiG) vorgenommen und dient als Grundlage der Entscheidung des Gemeinsamen Bundesausschusses (GBA) über die Nutzenbewertung. Die Nutzenbewertungen sollen Aussagen über den Beitrag neuer Arzneimittel zur Verbesserung der medizinischen Versorgung beinhalten sowie darüber, für welche Patientengruppen ein neues Arzneimittel im Vergleich zu bereits vorhandenen Therapiemöglichkeiten eine maßgebliche Verbesserung des Behandlungserfolgs erwarten lässt. Kriterien sind insbesondere ein verbesserter Gesundheitszustand, eine kürzere Krankheitsdauer, die Verlängerung der Lebensdauer, geringere Nebenwirkungen und die Verbesserung der allgemeinen Lebensqualität.

Die Arzneimittelhersteller müssen zur Markteinführung eines neuen Präparats ein Dossier vorlegen, das dem GBA auf Basis einer "frühen" Nutzenbewertung nach spätestens drei Monaten eine Entscheidung darüber erlaubt, ob das Präparat einen Zusatznutzen gegenüber der bisherigen Standardtherapie aufweist. Dabei wird klassifiziert in "erheblicher", "beträchtlicher" und "geringer" Zusatznutzen. Kann ein solcher Zusatznutzen nicht belegt werden, wird das Präparat als Festbetrag der Gruppe (Präparate mit vergleichbaren Wirkstoffen) zugeordnet. Für eine Übergangszeit können Hersteller unvollständige Dossiers nachbessern und jederzeit eine neue Bewertung beim GBA beantragen. 

Von der Nutzenbewertung zu unterscheiden ist die aus ihr abgeleitete Kosten-Nutzen-Bewertung (Paragraf 35b SGB V), die darüber befindet, für welche Vergleichstherapie und Patientengruppen die Bewertung erfolgen soll sowie welcher Zeitraum, welche Art von Nutzen und Kosten und welches Maß an Gesamtnutzen bei der Bewertung zu berücksichtigen sind. Seit dem Arzneimittelmarkt-Neuordnungsgesetz (AMNOG) von 2011 bildet eine solche Kosten-Nutzen-Bewertung die Grundlage auch für Preisverhandlungen zwischen dem GKV-Spitzenverband und den Herstellern zu patentgeschützten Arzneimitteln, für die ein Zusatznutzen festgestellt wurde. Bleiben diese Verhandlungen sechs Monate ohne Ergebnis, setzt eine Schiedsstelle innerhalb von drei Monaten den von den Kassen zu erstattenden Preis unter Berücksichtigung der Abgabepreise in anderen europäischen Ländern fest. Dieser Preis gilt auch für die Private Krankenversicherung. Die ausgehandelten Preise müssen offengelegt werden. Sie können frühestens ein Jahr nach der Preisvereinbarung beziehungsweise dem Schiedsspruch gekündigt werden. Die dann anstehenden neuen Preisverhandlungen können auf Basis einer neuen Nutzen-  beziehungsweise Kosten-Nutzen-Bewertung durchgeführt werden, die innerhalb von drei Jahren abgeschlossen sein müssen.

§§ 35 a, 35 b, 130 b SGB V