Jedes Krankenhaus verhandelt grundsätzlich jährlich mit den Krankenkassen sein Jahresbudget zur Vergütung der voll- und teilstationären Krankenhausleistungen. Hierfür galten bis 2003 kostenorientierte Budgets, die auf der Basis der Veränderungsrate der beitragspflichtigen Einnahmen aller Mitglieder der gesetzlichen Krankenkassen in unterschiedlichem Ausmaß in der Steigerung begrenzt wurden. Davon waren Ausnahmen möglich. Ab 1995/96 wurden rund 20 Prozent der vollstationären Krankenhausleistungen über Fallpauschalen und Sonderentgelte vergütet, die restlichen Budgetanteile mit Abteilungs- und Basispflegesätzen. Seit der Reform der Krankenhausfinanzierung per Fallpauschalen werden die meisten stationären Leistungen über Fallpauschalen, sogenannte Diagnosis Related Groups (DRG), vergütet. Hierfür kalkuliert das Institut für das Entgeltsystem im Krankenhaus (InEK) Bewertungsrelationen für jede DRG, die die geschätzten Kosten abbilden.

Die Krankenhausbudgets werden ermittelt, indem die Krankenhausträger und die Krankenkassen gemeinsam die Leistungsmenge eines Krankenhauses für das Folgejahr vereinbaren. Dabei werden die vom Krankenhaus beantragten DRGs mit dem Versorgungsauftrag des Krankenhauses verglichen. Der Versorgungsauftrag, der vom jeweiligen Bundesland festgelegt wird, bestimmt unter anderem, welche Leistungen - abgesehen von Notfällen - ein Krankenhaus erbringen darf. Aus der Menge der DRGs wird der Casemix als Summe der Bewertungsrelationen des einzelnen Krankenhauses berechnet. Er repräsentiert das Leistungsgeschehen einer Klinik und bewertet den Ressourceneinsatz innerhalb des DRG-Systems.Das jährliche Krankenhausbudget wird errechnet, indem man den Casemix mit dem Landesbasisfallwert, dem landesweit einheitlichen Preis für Krankenhausleistungen, multipliziert. Durch Leistungsabweichungen von der vereinbarten Leistungsmenge kann ein Krankenhaus Mehr-, aber auch Mindererlöse bezogen auf das Budget erzielen; hierfür findet im darauffolgenden Jahr ein sogenannter Erlösausgleich statt.

Das 2012 verabschiedete Psychiatrieentgeltgesetz (PsychEntG) hat auch für psychiatrische und psychosomatische Krankenhausversorgung die Einführung von Fallpauschalen vorgesehen. Der GKV-Spitzenverband und die Deutsche Krankenhausgesellschaft hatten sich auf pauschalierende Entgelte für Psychiatrie und Psychosomatik (PEPP) geeinigt, die Einführung eines pauschalierenden Vergütungssystems scheiterte jedoch am Widerstand der Ärzte und Fachgesellschaften. Die jährlichen Krankenhausverhandlungen erfolgen nach wie vor auf der Basis individueller Klinikbudgets.