Die gesetzlichen Krankenkassen sind wie alle anderen Träger der Sozialversicherung selbstverwaltete Körperschaften des öffentlichen Rechts. Das bedeutet, dass die Sozialversicherungsträger die ihnen staatlich zugewiesenen Aufgaben unter staatlicher Aufsicht organisatorisch und finanziell selbstständig durchführen.

Als Organe der Selbstverwaltung gibt es in der Sozialversicherung grundsätzlich eine ehrenamtliche Vertreterversammlung, einen ehrenamtlichen Vorstand sowie einen hauptamtlichen Geschäftsführer. Dieser gehört dem Vorstand mit beratender Stimme an. Im Unterschied dazu greifen die Krankenkassen auf ein zweistufiges Modell der Selbstverwaltung zurück. Es gibt hier einen ehrenamtlichen Verwaltungsrat sowie einen hauptamtlichen Vorstand. Der Verwaltungsrat trifft alle Entscheidungen von grundsätzlicher Bedeutung, unter anderem beschließt er die Satzung und stellt den Haushaltsplan fest. Er ist in der Regel paritätisch mit Vertretern der Versicherten und der Arbeitgeber besetzt. Bei drei der sechs Ersatzkassen besteht der Verwaltungsrat nur aus Versichertenvertretern, bei den Betriebskrankenkassen gehört neben Versichertenvertretern automatisch der direkte Arbeitgeber oder ein Arbeitgebervertreter dem Verwaltungsrat an. Bei der Deutschen Rentenversicherung Knappschaft-Bahn-See wird eine Vertreterversammlung anstelle des Verwaltungsrates gebildet. Über die Zusammensetzung der Selbstverwaltungsorgane entscheiden Versicherte und Arbeitgeber in der Sozialwahl.

Die Krankenkassen unterstehen der Aufsicht der Länder bzw. des Bundes. Weite Teile der ärztlichen und stationären Versorgung werden im Rahmen der gemeinsamen Selbstverwaltung mit den Leistungserbringern gestaltet, zum Beispiel Bundesmantelverträge. Zentrales Gremium der gemeinsamen Selbstverwaltung mit den Kassen(zahn)ärztlichen Vereinigungen ist der Gemeinsame Bundesausschuss, der unter anderem Detailentscheidungen über den Leistungskatalog der GKV trifft.

§§ 29 ff. SGB IV, § 197 SGB V